Pour une raison inconnue, plusieurs des premiers programmes qui supportent le SER ne respectent pas la spécification en ce qui concerne le 'flag' de l'endianness. La spécification statue qu'une valeur booléenne est utilisée pour le LittleEndian de l'entête, or ils utilisent cette variable comme un BigEndian avec 0 pour le little-endian et 1 pour le big-endian. En conséquence, pour ne passer briser la compatibilité avec ces premières implémentations, les programmes plus récents tels que Siril/fr et GoQat, ont décidé d'implémenter l'entête des fichiers SER de façon contraire à ce qui est écrit dans la spécification.