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La norme FITS est un conteneur qui décrit comment stocker les données et métadonnées de l'image. Des outils professionnels, dès les débuts du format FITS, comme ds9 (Harvard Smithsonian Center for Astrophysics), fv ( FITS viewer de la NASA), stockent les images de bas en haut. On pourrait être tenté de dire que cela n'a pas vraiment d'importance, mais lorsque le dématriçage ou l'astrométrie sont impliqués, des problèmes surviennent. Par exemple, le motif Bayer RGGB habituel devient GBRG si l'image est à l'envers.