Depuis la version 3, sortie en 2014, il y a deux façons de gérer les couleurs dans SER. Si les données proviennent directement du capteur, le moyen le plus adéquat est d'utiliser des images à un seul plan et d'interpoler les données selon la matrice de couleurs (de la même façon qu'on le ferait avec le format CFA souvent utilisé en astronomie).