Puisque les fichiers SER peuvent contenir des images d'une précision de 16-bit, l'endianness doit être correctement précisée. La spécification permet à l'endianness d'être soit big-endian siot little-endian afin de faciliter la création des fichiers sur divers systèmes, tant que l'endianness utilisée est correctement renseignée dans l'entête du fichier.