Depuis ses débuts, Siril peut utiliser les entrées utilisateur sous forme de commandes textuelles, à partir de la ligne de commande. Récemment, d'autres commandes ont été ajoutées, permettant ainsi un traitement automatisé de base des images. Les commandes peuvent être stockées dans un fichier que nous appelons script, et elles sont exécutées les unes après les autres. Certaines commandes peuvent être utilisées dans des scripts, d'autres non, comme l'indique l'aide de la ligne de commande à partir de l'interface graphique de siril.