Il y a deux modes d'opération principaux de la MCMTII : le mode guidage et le mode pointage. Il y a d'autres modes spécifiques comme le mode de mise à jour et le mode parking, mais nous n'entrerons pas dans ces détails ici.
- Lors du guidage, la tâche principale de la MCMTII est de fournir une vitesse de rotation constante aux moteurs. La priorité est donnée aux horloge, et les traitements des interactions (série, raquette, ST4) sont effectués en tâche de fond. Toutes les requêtes sont confirmées par un ACK même en cas d'erreur dans la requête.
- Lors du pointage, la tâche principale est de fournir un positionnement précis. La priorité est données au comptage de pas. Seules les commandes à 2 octets, avec le bit de poids lourd à 1 (les commandes non-ASCII donc), sont traitées par interruptions. La liste de ces commandes est juste en dessous. Pendant le pointage, une horloge spécifique est utilisée pour ajuster le nombre de pas duquel il faut se déplacer, en fonction du temps passé à se déplacer pour rattraper la rotation de la Terre. La MCMTII entre en mode pointage quand les vitesses medium ou maximales sont utilisées, par la raquette physique, virtuelle ou par la commande 'p'.
- en mode de mise à jour d'EEPROM les commandes peuvent être longues de 16 octets.
Les personnes qui ont besoin de comprendre la suite parlent probablement anglais, alors cela ne sera pas traduit.