Sin dai primi giorni, Siril accetta input dagli utenti come comandi testuali, da linea di comando. Recentemente, più comandi sono stati aggiunti, rendendo possibile un'elaborazione automatica di base delle immagini. I comandi possono essere memorizzati in un file che chiamiamo script, e vengono eseguiti uno dopo l'altro. Alcuni comandi possono essere utilizzati negli script, altri no, questo è indicato nell'help della linea di comando dall'interfaccia grafica di Siril.