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=Siril processing tutorial=
=Siril processing tutorial=


* [[Siril:Tutorial_import|Convert your images in the FITS format Siril uses (image import)]]
* [[Siril:Tutorial_import/fr|Convertir les images en images FITS utilisées par Siril (importer les images)]]
* [[Siril:Tutorial_sequence|Work on a sequence of converted images]]
* [[Siril:Tutorial_sequence/fr|Travailler sur une séquence d'images]]
* [[Siril:Tutorial_preprocessing|Pre-processing images]]
* [[Siril:Tutorial_preprocessing/fr|Pré-traitement]]
* [[Siril:Tutorial_manual_registration|Registration (PSF image alignment)]]
* [[Siril:Tutorial_manual_registration/fr|Alignement (Global star alignment)]]
* → '''Stacking'''
* → '''Empilement'''


==Empilement==
==Empilement==


The final step to do with Siril is to stack the images. Go to the "stacking" tab, indicate if you want to stack all images, only selected images or the best images regarding the value of FWHM previously computed. Siril proposes several algorithms for stacking computation.
L'étape finale consiste à empiler les images. Pour ce faire, allez dans l'onglet "stacking" et indiquez si vous voulez empiler toutes les images ou seulement les meilleurs images au regard des valeurs FWHM calculées lors de l'alignement. Siril propose plusieurs algorithmes d'empilement.
* Sum Stacking
* Sum Stacking
This is the simplest algorithm: each pixel in the stack is summed using 32-bit precision, and the result is normalized to 16-bit. The increase in signal-to-noise ratio (SNR) is proportional to <math>\sqrt{N}</math>, where <math>N</math> is the number of images.
Il s'agit du plus simple algorithme. Chaque pixel dans la pile est sommé utilisant une précision de 32bits. et le résultat est normalisé sur 16bits. L'augmentation du rapport signal sur bruit (SNR) est proportionnel à <math>\sqrt{N}</math>, <math>N</math> est le nombre d'image. A cause de l'absence de normalisation, il est recommandé d'utiliser cette algorithme pour l'empilement des images planétaires.
* Average Stacking With Rejection
*Average Stacking With Rejection
** Percentile Clipping: this is a one step rejection algorithm ideal for small sets of data (up to 6 images).
** Percentile Clipping : il s'agit d'un algorithme de rejet en une étape idéal pour les petits jeu d'images (jusqu'à 6 images)
** Sigma Clipping: this is an iterative algorithm which will reject pixels whose distance from median will be farthest than two given values in sigma units (<math>\sigma_{low}</math>, <math>\sigma_{high}</math>).
** Sigma Clipping : c'est un algorithme qui va rejeter les pixels dont la distance à la médiane sera plus grande que les 2 valeurs donné en unité sigma(<math>\sigma_{low}</math>, <math>\sigma_{high}</math>).
** Median Sigma Clipping: this is the same algorithm except than the rejected pixels are replaced by the median value of the stack.
** Median Sigma Clipping : il s'agit du même algorithme que précédemment, excepté que le pixel rejeté est remplacé par la valeur médiane de la pile.
** Winsorized Sigma Clipping: this is very similar to Sigma Clipping method but it uses an algorithm based on Huber's work <ref>Peter J. Huber and E. Ronchetti (2009), Robust Statistics, 2nd Ed., Wiley</ref> <ref name="Juan">Juan Conejero, ImageIntegration, Pixinsight Tutorial</ref>.
** Winsorized Sigma Clipping : cette algorithme est très similaire à la méthode Sigma Clipping mais il utilise un algorithme basé sur les travaux de Huber <ref>Peter J. Huber and E. Ronchetti (2009), Robust Statistics, 2nd Ed., Wiley</ref> <ref name="Juan">Juan Conejero, ImageIntegration, Pixinsight Tutorial</ref>.
** Linear Fit Clipping: this is an algorithm developed by Juan Conejero, main developer of PixInsight <ref name="Juan" />. It fits the best straight line (<math>y=ax+b</math>) of the pixel stack and rejects outliers. This algorithm performs very well with large stacks and images containing sky gradients with differing spatial distributions and orientations.
** Linear Fit Clipping : il s'agit d'un algorithme développé par Juan Conejero, principal développeur de PixInsight <ref name="Juan" />. Il pratique un ajustement d'une droite (<math>y=ax+b</math>) de la pile des pixel et rejette les pixels déviants. Cette algorithme marche très bien avec des jeux d'images très important et lorsque le ciel contient des différences de gradient.


These algorithms are very efficient to remove satellite/plane tracks.
Cet algorithme est très efficace pour supprimer les traces de satellites et d'avions.


* Median Stacking
* Empilement médian
This method is mostly used for dark/flat/offset stacking.
Cette méthode est généralement utilisé pour l'empilement des dark/flat/bias. La valeur médiane de chaque pile de pixel est calculée. Comme cette méthode ne devrait pas être utilisée autrement qu'avec les dark, flat et bias, elle ne prend pas en compte un quelconque déplacement calculé durant l'étape d'alignement.
The median value of the pixels in the stack is computed for each pixel.
L'amélioration du rapport signal/bruit est proportionnel à <math>0.8\sqrt{N}</math>.
As this method should only be used for dark/flat/offset stacking, it does not take into account shifts computed during registration. The increase in SNR is proportional to <math>0.8\sqrt{N}</math>.
* Pixel Maximum Stacking
* Pixel Maximum Stacking
This algorithm is mainly used to construct long exposure star-trails images.
Cet algorithme est principalement utilisée pour construire des filés d'étoiles. Les pixels de l'image sont remplacés par des pixels aux memes coordonnées si l'intensité est plus grande.
Pixels of the image are replaced by pixels at the same coordinates if intensity is greater.
* Pixel Minimum Stacking
Cet algorithme est principalement utilisé pour recadrer les images et enlever les bandes noires. Les pixels de l'image sont remplacés par des pixels aux memes coordonnées si l'intensité est plus petite.


In the case of M8-M20 sequence, we first used the "Winsorized Sigma Clipping" algorithm in "Average stacking with rejection" section, in order to remove satellite tracks (<math>\sigma_{low}=4</math> and <math>\sigma_{high}=2</math>).
Dans le cas de la séquence NGC7635, nous avons utilisé "Winsorized Sigma Clipping" afin de supprimer les traces des satellites. (<math>\sigma_{low}=4</math> and <math>\sigma_{high}=3</math>).


[[File:Siril stacking screen.png]]
[[File:Siril stacking screen.png|700px]]


The output console thus gives the following result:<br>
La sortie de la console donne le résultat suivant :
<code>
    22:26:06: Rejet des pixels dans le canal #0: 0.215% - 1.401%
21:58:19: Pixel rejection in channel #0: 2.694% - 4.295%<br>
    22:26:06: Rejet des pixels dans le canal #1: 0.185% - 1.273%
21:58:19: Pixel rejection in channel #1: 1.987% - 3.620%<br>
    22:26:06: Rejet des pixels dans le canal #2: 0.133% - 1.150%
21:58:19: Pixel rejection in channel #2: 0.484% - 4.297%<br>
    22:26:06: Intégration de 12 images:
21:58:19: Rejection stacking complete. 119 have been stacked.<br>
    22:26:06: Normalisation ............. additive + mise à l'échelle
21:58:28: Noise estimation (channel: #0): 4.913e-05<br>
    22:26:06: Rejet des pixels .......... Winsorized sigma clipping
21:58:28: Noise estimation (channel: #1): 3.339e-05<br>
    22:26:06: Paramètres de rejet ....... bas=4.000 haut=3.000
21:58:28: Noise estimation (channel: #2): 3.096e-05<br>
    22:26:09: Fichier FITS enregistré : fichier NGC7635.fit, 3 canal(aux), 4290x2856 pixels
</code>
    22:26:19: Estimation du bruit : (canal : #0) : 10.013 (1.528e-04)
 
    22:26:19: Estimation du bruit : (canal : #0) : 6.755 (1.031e-04)
Noise estimation is a good estimator of the quality of your stacking process. In our example, the red channel has almost 1.5 times more noises that green or blue. That probably means that DSLR is unmodified: most of red photon are stopped by the original filter, therefore leading to a more noisy channel. Then, in this example we note that high rejection seems to be a bit strong. Setting high rejection to <math>\sigma_{high}=4</math> could produce a better image. And this is what we have in the image below.
    22:26:19: Estimation du bruit : (canal : #0) : 6.621 (1.010e-04)


[[File:Siril stacking result.png|700px]]
[[File:Siril stacking result.png|700px]]


After that, the result is saved in the file named below the buttons, and is displayed in the grey and colour windows. You can adjust levels if you want to see it better, or use the different display mode. In our example the file is the stack result of all files, i.e., 119 files.
Après ceci, le résultat est enregistré dans un fichier nommé en fonction de ce que vous aurez décidé et affiché à l'écran. Vous pouvez ajuster les niveaux si vous désirez avoir une meilleure visualisation, ou bien utiliser un autre mode d'affichage. Dans notre exemple, le fichier est le résultat d'une empilement de 12 images.


[[File:Siril inal_result.png|700px]]
[[File:Siril inal_result.png|700px]]


The images above picture the result in Siril using the Histogram Equalization rendering mode. Note the improvement of the signal-to-noise ratio regarding the result given for one frame in the previous [[Siril:Tutorial_preprocessing|step]] (take a look to the sigma value). The increase in SNR is of <math>38/3.9 9.7 \approx \sqrt{119} = 10.9</math> and you should try to improve this result adjusting <math>\sigma_{low}</math> and <math>\sigma_{high}</math>.
Les images au-dessus décrivent le résultat obtenu dans Siril et affiché avec le mode Auto-stretch. Vous pouvez noter l'importante amélioration du rapport signal/bruit par rapport aux [[Siril:Tutorial_preprocessing|étapes]] précédentes. Jetez également un oeil aux valeur de sigma. L'amélioration du signal/bruit est de <math>21/5.1 4.11 \approx \sqrt{12} = 3.46</math> et vous devez essayer de maximiser se résultat en ajustant <math>\sigma_{low}</math> et <math>\sigma_{high}</math>.


[[File:Siril_Comparison_sigma.png|700px]]
[[File:Siril_Comparison_sigma.png|700px]]


Here, comparison between the same crop of calibrated single frame and stacked result.
Maintenant doit commencer l'étape du traitement de votre image avec un recadrage, une correction de gradient et plusieurs autres étape de traitement disponible dans Siril. Pour voir les différents traitement disponibles dans Siril, rendez-vous à cette page [[Siril:Manual|page]]. Vous avez ci-dessous un exemple de ce que vous pouvez obtenir avec Siril :
 
[[File:Siril_Comparison.png|700px]]
 
Now should start the process of the image with crop, background extraction (to remove gradient), and some other processes to enhance your image. To see processes available in Siril please visit this [[Siril:Manual|page]].
Here an example of what you can get with Siril:
[[File:Siril_M8-M20_processed.png|700px]]
[[File:Siril_M8-M20_processed.png|700px]]


<references />
<references />


End of the [[Siril:Manual#Tutorial_for_a_complete_sequence_processing|processing tutorial]]. Return to the [[Siril:Manual|main documentation page]] for more illustrated tutorials.
Fin du [[Siril:Manual#Tutorial_for_a_complete_sequence_processing/fr|tutoriel sur le pré-traitement]]. Retourner sur la [[Siril:Manual/fr|page principale]] pour d'autres tutoriaux illustrés.

Revision as of 13:10, 5 September 2016

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Siril processing tutorial

Empilement

L'étape finale consiste à empiler les images. Pour ce faire, allez dans l'onglet "stacking" et indiquez si vous voulez empiler toutes les images ou seulement les meilleurs images au regard des valeurs FWHM calculées lors de l'alignement. Siril propose plusieurs algorithmes d'empilement.

  • Sum Stacking

Il s'agit du plus simple algorithme. Chaque pixel dans la pile est sommé utilisant une précision de 32bits. et le résultat est normalisé sur 16bits. L'augmentation du rapport signal sur bruit (SNR) est proportionnel à [math]\displaystyle{ \sqrt{N} }[/math], où [math]\displaystyle{ N }[/math] est le nombre d'image. A cause de l'absence de normalisation, il est recommandé d'utiliser cette algorithme pour l'empilement des images planétaires.

  • Average Stacking With Rejection
    • Percentile Clipping : il s'agit d'un algorithme de rejet en une étape idéal pour les petits jeu d'images (jusqu'à 6 images)
    • Sigma Clipping : c'est un algorithme qui va rejeter les pixels dont la distance à la médiane sera plus grande que les 2 valeurs donné en unité sigma([math]\displaystyle{ \sigma_{low} }[/math], [math]\displaystyle{ \sigma_{high} }[/math]).
    • Median Sigma Clipping : il s'agit du même algorithme que précédemment, excepté que le pixel rejeté est remplacé par la valeur médiane de la pile.
    • Winsorized Sigma Clipping : cette algorithme est très similaire à la méthode Sigma Clipping mais il utilise un algorithme basé sur les travaux de Huber [1] [2].
    • Linear Fit Clipping : il s'agit d'un algorithme développé par Juan Conejero, principal développeur de PixInsight [2]. Il pratique un ajustement d'une droite ([math]\displaystyle{ y=ax+b }[/math]) de la pile des pixel et rejette les pixels déviants. Cette algorithme marche très bien avec des jeux d'images très important et lorsque le ciel contient des différences de gradient.

Cet algorithme est très efficace pour supprimer les traces de satellites et d'avions.

  • Empilement médian

Cette méthode est généralement utilisé pour l'empilement des dark/flat/bias. La valeur médiane de chaque pile de pixel est calculée. Comme cette méthode ne devrait pas être utilisée autrement qu'avec les dark, flat et bias, elle ne prend pas en compte un quelconque déplacement calculé durant l'étape d'alignement. L'amélioration du rapport signal/bruit est proportionnel à [math]\displaystyle{ 0.8\sqrt{N} }[/math].

  • Pixel Maximum Stacking

Cet algorithme est principalement utilisée pour construire des filés d'étoiles. Les pixels de l'image sont remplacés par des pixels aux memes coordonnées si l'intensité est plus grande.

  • Pixel Minimum Stacking

Cet algorithme est principalement utilisé pour recadrer les images et enlever les bandes noires. Les pixels de l'image sont remplacés par des pixels aux memes coordonnées si l'intensité est plus petite.

Dans le cas de la séquence NGC7635, nous avons utilisé "Winsorized Sigma Clipping" afin de supprimer les traces des satellites. ([math]\displaystyle{ \sigma_{low}=4 }[/math] and [math]\displaystyle{ \sigma_{high}=3 }[/math]).

La sortie de la console donne le résultat suivant :

   22:26:06: Rejet des pixels dans le canal #0: 0.215% - 1.401%
   22:26:06: Rejet des pixels dans le canal #1: 0.185% - 1.273%
   22:26:06: Rejet des pixels dans le canal #2: 0.133% - 1.150%
   22:26:06: Intégration de 12 images:
   22:26:06: Normalisation ............. additive + mise à l'échelle
   22:26:06: Rejet des pixels .......... Winsorized sigma clipping
   22:26:06: Paramètres de rejet ....... bas=4.000 haut=3.000
   22:26:09: Fichier FITS enregistré : fichier NGC7635.fit, 3 canal(aux), 4290x2856 pixels
   22:26:19: Estimation du bruit : (canal : #0) :  10.013 (1.528e-04)
   22:26:19: Estimation du bruit : (canal : #0) :  6.755 (1.031e-04)
   22:26:19: Estimation du bruit : (canal : #0) :  6.621 (1.010e-04)

Après ceci, le résultat est enregistré dans un fichier nommé en fonction de ce que vous aurez décidé et affiché à l'écran. Vous pouvez ajuster les niveaux si vous désirez avoir une meilleure visualisation, ou bien utiliser un autre mode d'affichage. Dans notre exemple, le fichier est le résultat d'une empilement de 12 images.

Les images au-dessus décrivent le résultat obtenu dans Siril et affiché avec le mode Auto-stretch. Vous pouvez noter l'importante amélioration du rapport signal/bruit par rapport aux étapes précédentes. Jetez également un oeil aux valeur de sigma. L'amélioration du signal/bruit est de [math]\displaystyle{ 21/5.1 = 4.11 \approx \sqrt{12} = 3.46 }[/math] et vous devez essayer de maximiser se résultat en ajustant [math]\displaystyle{ \sigma_{low} }[/math] et [math]\displaystyle{ \sigma_{high} }[/math].

Maintenant doit commencer l'étape du traitement de votre image avec un recadrage, une correction de gradient et plusieurs autres étape de traitement disponible dans Siril. Pour voir les différents traitement disponibles dans Siril, rendez-vous à cette page page. Vous avez ci-dessous un exemple de ce que vous pouvez obtenir avec Siril :

  1. Peter J. Huber and E. Ronchetti (2009), Robust Statistics, 2nd Ed., Wiley
  2. 2.0 2.1 Juan Conejero, ImageIntegration, Pixinsight Tutorial

Fin du tutoriel sur le pré-traitement. Retourner sur la page principale pour d'autres tutoriaux illustrés.